Windows ME adalah peningkatan ke Windows 9x dan majoriti perisian untuk Windows 95 dan Windows 98 akan berfungsi dengan Windows ME. Kami katakan 'majoriti' kerana perisian seperti program antivirus atau sebarang utiliti lain yang direka untuk Windows 9x tidak akan berfungsi (atau berfungsi dengan baik) dalam Windows ME. Struktur fail dan fail konfigurasi telah berubah sedikit di Windows ME. Walau bagaimanapun, permainan, program, dan perisian lain akan berfungsi di Windows ME. Sekiranya perisian tidak berfungsi, ia sepatutnya mempunyai kemas kini yang membolehkannya berfungsi.